Základní myšlenkou Noci kostelů je představit křesťanství prostřednictvím nízkoprahové nabídky, která je přístupná a srozumitelná pro nejširší veřejnost a vytvořit prostor pro setkání na místech, která jsou nejen součástí našeho kulturního dědictví, ale také života církve. Noc kostelů znamená otevření zapojených kostelů ve večerních a nočních hodinách, otevření veřejnosti běžně nepřístupných míst (sakristie, kapitulní síně, refektáře), zpřístupnění kostelních věží, klášterních prostor a zahrad, doprovodný duchovní program zahrnující liturgii, hudební vystoupení či možnost setkání a rozhovoru s kněžími, kazateli, řeholníky. Nedílnou součástí je také doprovodný kulturně-vzdělávací program jako např. komentované prohlídky, besedy, workshopy či divadelní představení, a mnoho dalších aktivit.

Každoročně se do Noci kostelů zapojuje v celé České republice více než 1500 kostelů a modliteben, v nichž je pro návštěvníky připraveno více než 7000 programů. Na organizaci Noci kostelů se v jednotlivých kostelech podílí několik tisíc dobrovolných pořadatelů.

Pro zajištění prezentace a pozvání návštěvníků z řad nejširší veřejnosti je třeba aktualizovat a spravovat databázi a webové stránky www.nockostelu.cz, které jsou pro tuto pastorační aktivitu hlavním komunikačním prostředkem. Propagace je realizována všemi dostupnými formami, a to v několika etapách od dlouhodobé po intenzivní propagaci, kdy jsou zapojené kostely označeny propagačními poutači a v kostelech a na informačních centrech jsou návštěvníkům k dispozici tištěné materiály s informacemi o programu Noci kostelů a o jednotlivých kostelech.